明万历六年(公元一五七八年)，被俺答汗赠于《圣识一切瓦齐尔达喇达来喇嘛》的尊号，达来喇嘛的称号来源于此。索南嘉措得到这个尊号以后，又追认前两世为第一、二世达来喇嘛。五世来赖罗桑嘉措受清朝册封以前，一直住在该寺。由于历世达来喇嘛都以哲蚌寺为母寺，因此该寺在格鲁派寺院中地位最高。寺院内部组织制度严密。错钦、扎仓、康赞和米村为主要的组织。哲蚌寺修建后，一五四六年第一个活佛“三世达来索南嘉措”被迎请来寺。殿内有立柱一百八十三根，有半个足球场那么大。措钦大殿经堂虽然规模宏大，但四周墙壁无窗，只在顶部中央开凸起天窗用以采光，加上经堂内挂满了长长的经幡黄带和密密的唐卡，让本来光线就很暗的经堂内愈加显得幽暗，只有一小束光线透过天窗投射到佛像上，形成了一种“举世浑黑，唯有佛光”的宗教意境。哲蚌寺西南角的甘丹颇章原为二、三、四、五世达来住地。五世达来受清朝册封后，始由甘丹颇章移住布达拉宫，但甘丹颇章曾被作为格鲁派政教合一地方政权的代称。是一五三零年左右由二世达来根敦嘉措主持修建的。后来他答应蒙古俺答汗的邀请，到青海讲经传法。错钦是全寺最高组织;扎仓隶属于错钦，相当于分院;康赞是扎仓的基层组织;米村又是康赞的下一级组织。四个扎仓分别名为罗色林、果芒、德阳、阿巴。每个扎仓各有供茶集会的大殿和经堂。扎仓各有自己所属的僧众，不同扎仓僧众不能相混。错钦大殿在全寺的中心，面积有两千平方米。