昌珠寺最初的规模很小，据说只有六门六柱和祖拉康，以后该寺在原有建筑上曾经三次大规模的修缮和扩建。据说这幢早期建筑当年是用“贝玛”草堆砌起来的，而现在的建筑则是石木结构，说明是晚期修缮的格局。十年浩劫中昌珠寺亦未免大难，除被其时用作粮物仓库和僧人居住的少数建筑有幸存留外，错钦大殿和绝大多数的拉康、转经廊等建筑皆荡然一空，其他文物也散失殆尽。 悠久的历史和宏伟的建筑，吸引着成千上万的香客络绎不绝前去转经朝佛。五世达来以后的历代达来每年还要定期来此添香礼佛。昌珠寺作为山南地区“三圣寺”之第一，在信徒们心中享有崇高的地位。
此钟系汉僧监铸，是唐蕃之间文化、宗教密切交流的历史见证。 小庭院长23.6米，宽16米，周围一圈回廊，廊顶一层僧房。庭院北侧系桑阿颇章，约建于十七世纪以后，是南宗宁玛派为便于该派僧众朝见来此礼佛的达来喇嘛而修建的住房，故其内茶房、柴房、粮物仓库、膳食、住房一应俱全。后来又于1938年将其底层正中改建为三进三间的密宗拉康。桑阿颇章的地下还有一暗道。暗道从颇章外边西南一隅通出，里边的出口则在今拉康内西墙南侧北端附近。暗道内还有两个狭长的储藏室。扩建后的昌珠寺，布局形式新颖别致，独树一帜。它分前后两部分，前部为一小庭院，后部是以错钦大殿为中心的拉康大院。进了大门都是小庭院。 外殿以莲花生为主像，内殿以宗喀巴为主像。像皆尺余高。泥塑外涂土黄、棕色、绿色等彩色油漆，形如琉璃，此种塑像作法也很少见。与珠投拉康紧邻还有一嘎加拉康，正好在曲结拉康之上，拉康门向北，三进三间，主供泥塑红教主尊一百个。
二层的西部，即拉康大院的门顶上，正中为达来的行宫，行宫的北边有较小的房屋两间，名结月康，乃传为贵族休息之所，其中原存铜法器及用具甚多。寺院大门内门道上部悬挂着一口铜钟，上有藏文铭文两圈，阳文，字形与桑耶寺钟同。这种布局和大昭寺大殿布局是很相似的。 中转回廊均以单拱柱或十字拱柱承檐，但拱柱形制有早有晚，早期的拱柱下的础石形如复盆，上刻莲辩，后期础石则无雕凿。回廊南北西三面墙壁上均有壁画，南北壁绘佛传故事，西壁则绘五世达来、固始汗、第巴桑结三像，壁画似清代以后的作品。 错钦大殿上午形制颇特殊。错钦大殿面宽五间，深三间，其四周并不用石墙封闭，而是梁柱成间，全为名堂，且开间很大，与早期建筑风格迥异，应是后增建部分。据王尧先生考证，钟系吐蕃王朝赤德松赞时期所铸，施主王妃菩提氏，与桑耶寺钟施主甲茂赞为同一人。
拔乱反正以来，党的文物政策得到了认真贯彻，劫后余存的古老建筑也得到了妥善保护，散失文物有关单位也在努力设法追回。曲结拉康本尊为松赞干布，左为尺尊公主，右为文成公主，靠左臂系禄东赞立像，右臂前乃吞米?桑布扎立像，桑布扎一侧还有无量光等佛像。塑像相当古朴生动，特别是王后立像造型，丰满神逸，堪称佳作。 脱切拉康内一柱，主供千手观音，塑像相当高大。其背光以千手相衬，两旁各塑胁侍一尊，造型精美，为早期作品。拉康周壁绘有壁画，其中有则丹拉思布佛，据释他曾给松赞干布生活上有过的帮助。步入大门，是该寺的拉康大院，为该寺的主体和建筑精华所在。
大院前有高大的门廊，门廊两端与围绕在整个大殿外面的转经回廊相界，适成一周，是为该寺外转经回廊。门外两侧塑护法神像二尊，站于两旁；门内两边又塑四大天王，分立左右。大院内，前部中央为天井院落，其后接错钦大殿。围绕天井院落和错钦大殿一周，则是内转经回廊。沿着中转回廊四周，内向分布着十二个内容各异的拉康，形成了井然有序的朝佛“流水线”，信徒们循此便被导引去依次朝拜各个佛尊。有趣的是殿之西南角有一立桩型的土灶，上面还放置一盆型陶器，传说为文成公主当年所用之物。现在我们看昌珠寺，现存建筑中那些属早期的莲瓣柱础，夯墙及略晚的伏兽、廊柱，还有已存的石佛像等艺术作品（有些并非昌珠寺物），仍然是艺术史上的宝贵资料。

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